Circa dieci anni fa, un gigantesco demone chiamato Kyuubi viene liberato da un misterioso shinobi mascherato. Il villaggio nascosto di Konoha è sul punto di essere distrutto dal suo attacco... e c'è solo un modo per salvarlo. Insieme a sua moglie Kushina, il leader del villaggio, il Quarto Hokage Minato, sigilla il Kyuubi nel loro figlioletto neonato, Naruto. Sacrificando le proprie vite, i due riescono per un pelo a salvare il villaggio, consegnando il suo futuro a Naruto.
"Non c'è alcun dubbio... si tratta di Akatsuki!"
Dopodichè, il tempo passa... fino a quando i membri del terribile gruppo Akatsuki (Pain, Konan, Itachi, Kisame, Sasori, Deidara, Hidan e Kakuzu) appaiono di colpo, attaccando il gruppo di Naruto. Naruto e gli altri riescono a malapena a contrattaccarli... ma perchè questi membri dell'Akatsuki sono di nuovo in vita, benchè siano già morti? Il mistero rimane, e nel frattempo gli shinobi vengono complimentati dalle loro famiglie per aver completato una missione così pericolosa. Solo Naruto, che non ha mai conosciuto i volti dei suoi genitori, non può fare a meno di sentirsi solo...
E in quel preciso momento, d'improvviso, l'uomo mascherato appare di nuovo a Konoha.
"E' da parecchio che non ci vediamo, Uzumaki Naruto."
A causa del nuovo, misterioso doujutsu dell'uomo mascherato, il mondo intorno a Naruto e Sakura viene distorto e quindi inghiottito.
Quando i due riprendono conoscenza e si guardano intorno, l'uomo mascherato è già scomparso. Loro cercano di inseguirlo, ma a quel punto cominciano ad accorgersi di uno strano fenomeno nel villaggio. Kakashi, Tsunade e tutti i loro nakama del villaggio hanno cambiato personalità, ed è come se fossero diventate delle persone completamente diverse. Inoltre, persino Sasuke è di nuovo nel villaggio! E un'altra cosa straordinaria... i genitori di Naruto, Minato e Kushina, che dovrebbero essere morti - sono vivi! Quale potrebbe essere il significato di tutto questo?
"Perchè... perchè Tou-chan e Kaa-chan sono vivi...?"
Messi di fronte a questa realtà mutata, Naruto e Sakura cominciano improvvisamente a sentirsi persi.
La gioia di Naruto per aver potuto reincontrare i suoi genitori è irresistibile... ma d'altra parte, anche in questo mondo deve affrontare una crisi di vita o di morte causata dall'uomo mascherato.
L'uomo mascherato, che mira al potere del Kyuubi dentro a Naruto, è di nuovo sul punto di portare distruzione al villaggio di Konoha! L'uomo mascherato punta alle debolezze nascoste nelle emozioni umane. Un'orribile trappola e ambizione!
Naruto dovrà combattere contro il suo destino al posto dei suoi genitori, che hanno precedentemente scomesso le loro vite per proteggere il villaggio!
Un'immagine dei genitori di Sakura
